首先，物流供應鏈缺乏供應鏈成員的有效參與。在企業(yè)物流成本管理過程中，企業(yè)要更好的立足于供應鏈管理的思想，為了能夠完整全面的反映物流成本，這就需要企業(yè)中的供應鏈成員有效地參與到企業(yè)物流成本的管理過程中。但是在實際的企業(yè)物流成本管理中，許多供應鏈成員的成本意識不高，不能夠積極有效地參與企業(yè)物流成本管理工作，不能夠形成一個有效的合作團隊。供應鏈成員對物流認識膚淺。企業(yè)的生產(chǎn)面臨兩個方面的物資流通，這個過程需要高素質(zhì)的決策者和業(yè)務人員來實現(xiàn)，可是我國目前的企業(yè)管理者對物流的認識淡薄膚淺，沒有形成物流成本管理理念。

其次，對物流職能和供應鏈物流職能的主要流程分析不夠。在企業(yè)物流的職能運行過程中，物流供應鏈的職能對其有著重要的影響。并且在發(fā)展運行的過程中兩者發(fā)生相互作用，例如：地點選擇、顧客服務以及產(chǎn)品需求預測等等。不同的企業(yè)由于企業(yè)內(nèi)部的業(yè)務和性質(zhì)不同，因此物流職能也會不盡相同。如果對物流職能和供應鏈職能的流程分析不準確，就會造成物流企業(yè)運行的混亂，不利于物流供應鏈成本管理工作的順利運行。

再次，對供應鏈物流職能的規(guī)定不嚴密。如果供應鏈物流職能流程的細化不夠明確，就會造成不能準確的提供重要的成本信息。在物流企業(yè)的運行過程中，把供應鏈物流流程細化為十分清晰的活動，能夠提高物流成本和核算流程的準確性，相反，就會很難掌握物流成本。在多數(shù)情況下，大部分主要的物流流程分解程度需要達到分解活動和特定成本的相互聯(lián)系。

第四，物流供應鏈成本管理缺乏透明度，缺少相關的成本統(tǒng)計資料。在物流企業(yè)運行過程中，供應鏈物流成本管理一般情況都要滿足財務報告的基本需要，它需要企業(yè)用標準成本會計制作外部相關報表，但是，當前許多企業(yè)的成本細節(jié)沒有被清晰描述，缺乏一定的透明度。我國企業(yè)當前運行的成本核算體系，沒有對物流成本費用進行單獨核算，物流成本被分散在許多其他成本項目中，這樣就造成了成本管理資料的缺失，不利于物流供應鏈成本管理工作的正常運行。

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